La actual Junta de la Virgen se creó con el fin de atender y suplir las atenciones del Santuario de Ntra. Sra. María de las Virtudes. Una labor que realizaba la Orden Agustina hasta la aplicación de la conocida como Desamortización de Mendizábal. En el cabildo del 22 de agosto de 1835 del consistorio villenense, en el boletín oficial de la Provincia número sesenta y cinco, se insertaba la Real Orden de su Majestad la Reina Gobernadora de 25 de julio sobre la extinción de monasterios y Conventos. En esa orden estaba comprendido el Convento de San Agustín extramuros, ubicado en el Santuario de Nuestra Señora y Patrona María Santísima de las Virtudes.

A partir de esa fecha, cuatro años más tarde, el 18 de abril de 1839, el consistorio nombra una Junta para que, junto al capellán, se encargase de la administración y de los bienes del Santuario, así como fomentar el culto a la Sagrada Imagen. La primera Junta fue presidida por el Sr. Alcalde y fue disuelta por el mismo Ayuntamiento, alegando ineficacia en la gestión. Un mes más tarde, en mayo de 1840, se crea una nueva Junta formada por dos regidores y cuatro personas ajenas al consistorio, reservándose el Ayuntamiento el derecho de Patronazgo del Santuario, el nombramiento de capellán y mover la Sagrada Imagen. Esta Junta, popularmente conocida como Junta de la Virgen, es la que ha llegado hasta nuestros días.

Un siglo después, en 1931 y a propuesta del Alcalde Constitucional, se crea La Asociación de Ntra. Sra. Ma de las Virtudes que reglamentariamente se constituyó en 1933 y fue inscrita en el Gobierno Civil a efecto de la ley de Asociaciones el 27 de Abril de 1934. Ante ciertas indecisiones gubernamentales, en el año 1945 se produce la redacción por parte del consistorio de acta del Patronato delegando las funciones administrativas en favor de la Asociación. Asimismo fue erigida Canónicamente en la Parroquia de Santiago por